昨日一晩ぐっすり寝たにもかかわらず、今日もイマイチ調子がよろしくない。今の体調は全快時の75%といったところ。くしゃみと鼻をかむ回数は1/5に減ったけれど、たまに寒気がする。それから、唇の端が軽くムズムズする。これはヘルペスが発症する時の前兆だ。体がだいぶ弱っている。とりあえず、ビタミン剤とグレープジュースに豆乳を飲んでアミノ酸補給（＝抗体の材料補充）！

今日は、夜の８時から、Problem session（正式名称は不明）があった。これは、テスト日や宿題の締め切り前に、先生が質問を受け付ける予備クラスのことだ。昔、TAで受け持っていた化学のクラスや、語学学校時代に受けていた大学１年レベルの心理学のクラスでも、テスト前にそういうセッションが開かれていた。

今回の宿題は、全10問ながら、その内容はかなり難しく、授業で全くやってないような応用計算問題がわんさかあるのもあって、とても独力では解けないものだった。締め切りは明後日。なんとか今日のセッションで一通りのヒントをもらったので、たぶんできるはず。

来週の火曜は試験らしい。今週末は、教科書を復習しないとなー。宿題を進めながら、早く風邪を治さねば。

実験は順調、宿題も半分以上終了。

でも、夕方から徐々に具合が悪くなり、日が暮れる頃には、鼻水とくしゃみが止まらなくなった。
夕食を作る気力がでず、鶏肉のシーザーサラダパックを食べて終了。

具合が悪くなると　急にPartner（と書いて嫁と読む！）が欲しくなる


宿題がまだ終わっていないけれど、今日は早めに寝る。鼻水から始まる風邪の場合、一晩養生すれば翌日には治るのだ。

・・・と思ったら、また上の階のキチガイインド人が大音量でインド音楽(?)をかけ始めた。ほんとに殺意を抱く。

11時過ぎまで惰眠をむさぼり、昼から買い物。その後、研究室で実験を少々。

さて今週は中華週間ということで、今日は久々に春巻きを作った。



【“春巻きを作る”の続きを読む】

朝から実験。Electroporation用のcompetent cell作り。エレクトロポレーションとは、電気ショックでDNAを大腸菌に挿入すること。コンピテントセルとは、それ用に特別に調整した大腸菌のこと。12時ちょっと前から始めて、3時前に終了。

その後、洗濯やら皿洗い。そして、買い物。来週は、中華で行こうかと思う。エビチリに麻婆豆腐、久々に春巻きも作る。明日は、フィンランド料理のPerna-Jauheliha laatikko（ジャガイモとひき肉のグラタン）とやらを作ってみる。まあ、普通のグラタンと大して変わらないので、余裕だろう。ちょっとアレンジして、ポテトを千切りにしようかな。スライサーがあると良いのだけれど。

夜は、6時から外食。日本から2ヶ月の間うちの研究室に来て、サンプル取りをしていた人が明日帰るので、その送別会。場所は、メインストリートの繁華街の中のお店。スパニッシュ料理？デザートのカフェ・エスプレッソ・なんとかトルテがおいしかった。レシピを探さねば。

明日は、夕方実験。今日作った大腸菌にDNAを挿入して、培養。あとは、ずっと宿題の問題解き。現在、10問中3問終了。

一つ、英語が間違っているのではないかと思う問題がある。タンパク質の溶液状態の密度(cm/g)が出ていて、1Å^3中の”タンパクのVolume”を計算しろというもの。ここから得られるのは、Volume（体積）じゃなくて、質量(g)じゃないのか。混乱中。

2008年秋セメスターにかかる費用一覧

実際に支払った額
$1,028.00
【“2008年秋セメスターにかかる費用一覧”の続きを読む】

毎週金曜日は、院生によるセミナーがある。院生は、毎年、関門があり、１年目は筆記試験（４回ドジるとドロップアウト）、２年目は研究計画書と口頭試問による試験（２度落ちると、マスターの学位を取ってドロップアウト）、そして３年目にこのセミナーを開催せねばならない。

セミナーには、ほぼすべての院生と先生が参加し、その人達の前で１時間のプレゼンとその後の質疑応答に答えなければならない。僕も、このまま行くと来年の後半か再来年の前半にはあの教壇に立たなければならないわけだ。

さて、今日の担当は、２つとなりのラボのインド人で、僕の研究する分野に少し近いテーマだった。残念ながら、そのプレゼンのほとんどは、特に参考になることもなかったけれど、ただ一つ、極めてホットなスライドがあった。それは、まさに数日前から格闘している「タンパク質の表面電化のマッピング」の図だ。

さっそくプレゼン後に聞いてみると、彼女らもPymolとAPBSを使っているらしい（２日前のエントリー参照）。今日も、そのセミナーの前に延々と試行錯誤を繰り返していたのだけれど、まさに渡りに船。

読み込みファイルのパスからすべてのスペースを排除しても起こる「ObjectMapLoadDXFile-Error: Unable to open file!」のエラーは、彼女曰く、計算結果を.dxファイルで出力する際のエラーだという。プログラムが生成したファイルを自動的に出力する際に、スペースがあるディレクトリの下流に排出しようとするのだろうか？彼女に教わった話では、必ずPDBファイル中のすべての水分子、金属、有機分子などを手動で削除してからPymolに入れることがカギらしい。そして、外部のサイトで.pqrファイルを変換させて使うのではなく、.pdbファイルをPymol自身に自動的に変換させてやると良いらしい。

また、計算させると、大概、アミノ酸のいくつかがきちんとアサインされていない（チャージが？）とかで、エラーが起こり止まってしまう。その場合、Pymolの画面に、問題の箇所がピックアップされているので、それを「Action」のタブから「remove atoms」で削除し、また同じ計算を繰り返していけばいいらしい。

これによって、ようやく計算をうまく走らせることができた。しかし、終わり際（？）にまた同じObjectMapLoadDXFileのエラー。別のタンパクファイルでやってもことごとく失敗するので、ソフトの不具合か、まだどこかの設定がおかしいのだろう。来週にでも、彼女の元へファイルを持参して、彼女のパソコンで試してもらうことにする。



ついに冷蔵庫が卵と調味料を残してほぼ空になった。明日買い物に行くにしても、今夜はどうするかなぁ。ラーメンをゆでて、冷凍食品と一緒に食べるか。

フィンランド料理を作る前に週が終わってしまったので、明日までに何を作るかネットで調べて、材料を買いに行くことにする。先日作ったケーキ用に買った生クリームがちょっと余っているので、それを使うようなのがあると良いな。



来週の火曜のテストは中止になり、その代わりに大きな宿題が出された。今週末は、ずっとそれとの格闘になるだろう。はーあ。

まあ、これがセメスター中のアメリカの大学院生の普通の姿だ。

今日、元ホストマザーのダフニから久々にメールが来た。

彼女は、僕が通っていた語学学校の先生（また、大学でも授業をいくつか教えていた）の一人で、僕は偶然彼女の家にステイさせてもらうことになったのだ。今思うと、彼女以外の先生は、僕の知る限りでは学生を家に受け入れていないので、昼も夜も彼女の英語の指導を受けることができた僕はラッキーだった。

そんな彼女も、去年、僕が日本に一時帰国するのとほぼ時期を同じくして、彼氏のフレッドと一緒に住むために、カリフォルニアに引っ越した。今でも、こっちの大学のオンライン授業を２つ教えているらしい。

さて、そのメールによると、なんとフレッドと一緒にノンネイティブの人向けにインターネットで英語の指導をする会社を興したらしい。

HPはこちら：http://www.eslonlinecourses.com/

ついでに、あちこちに送るためのフライヤーを日本語訳してくれと頼まれたので、とりあえず訳してみた。翻訳料を$25を払うと言ってくれたけど、アメリカンマムなので、そこはフリーで(￣ー￣)ｂ

ESL Online Courses

ESL Online Courses is an educational service offering interactive online classes in English for non-native English speakers. Our courses are designed to improve and enhance English reading, writing, listening, and speaking skills while teaching about U.S. culture. This approach prepares our clients to succeed in university classrooms and business environments within the United States of America.

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ESLオンラインコース (ESL Online Courses)

ESLオンラインコースは、英語を母国語としない方向けに、インターネットを通じてインタラクティブな英語のクラスを提供します。このクラスは、アメリカの文化を紹介すると同時に、英語の読み書き、リスニング、そして英会話のスキルを向上させることを目的としています。このクラスを受講することで、アメリカの大学の授業やビジネスの場などにおける英語のスキルを学ぶことができます。

ESLオンラインコースは、以下のような方に最適です。
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あちこち、どうもしっくり来ない言い回しがあるので、ちょっと修正が必要。なにかおかしいなと感じた個所がありましたら、ご指摘ください。

また、興味がある方は、どうぞe-mailを送ってあげてください。

彼女は、優秀かつ母性の塊のごとき人なので、しっかり指導してくれるはずです。生徒からの人気も非常に高い人でした。

昨夜からの実験結果。

Ｘ線回折：回折像が得られなかった。引き続き、結晶生成条件の検討を繰り返す。次のシンクロトロントリップは早くて12月、おそらく来年になるということで、時間はまだある。

コンピューター上でのドッキング計算：ドッキングサイトの候補のうちトップ500個ほどが表示された。ソフトの使い心地がいまいちで、まだ詳しい検討は行っていない。ただし、安定構造トップ３のおおざっぱな結合サイトは、予想していたあたりに見られた。

タンパク精製：分光器の1台が壊れ、もう1台の方は使われていたので、定量は明日。でも、サンプルの色を見る限り、かなり収率は良いと思われる。


今日は、午前中はＸ線の回折実験について、ナサニエルと、そのボスＭ先生とディスカッションをした。午後からは、パソコン上でタンパク質の表面電荷を表示するプログラムと延々格闘。


表面電荷のパッチ表示なんて、すぐにできるだろうとタカをくくっていたのだけれど、PDBファイルをPQRファイルに変換し、それをPymolという分子構造を表示させるソフトについているAPBSというプログラムに計算させ、それでようやく表示することができるという。

ところが、実際にコチラのページを見ながらやってみたところ、ファイル変換はなんとかできたものの、PymolでAPBS Locationを指定するところで何回やっても「ObjectMapLoadDXFile-Error: Unable to open file!」というエラーが出る。

2,3時間色々な事を試し、散々ネットで探し回ったあげくに見つけたのがこちら。

要するに、ファイルを指定する時に、パス名にスペースが入っていると読み込みに失敗するとかいう罠。普通、ウィンドウズだとC:\Documents and Settings\の下にファイルが入っている事が多いので、すでに”and”の前後にスペースが入っているわけだ。なんという恐ろしい罠。
さて、このリンク先に、このバグに対応した修正されたapbs_tools.pyファイルも添付されていたので、そのファイルを代わりに入れてやってみたところ、見事に計算が完了した。

ところが、５分ほどしてまた同じ事を繰り返してみたら、全く同じ症状に戻ってしまった。ファイルをもう一度更新してみてもダメ。今日はここで力尽きた。明日は新しいバッチの精製を始めるかなぁ。




今晩はちらし寿司。

写真を撮るのに、中途半端に見栄えをよくした。錦糸卵が錦札卵ぐらい分厚いけれど、一人で食べるのにそこまですることも無かろうよ。

今日は、朝から菌を潰して精製しつつ、同時にパソコン上で２つのタンパク質のドッキング計算をさせつつ、さらに結晶のX線回折実験を行った。

X線の回折実験では、相変わらずの幸運続き。
詳しいことは下の方の追記に書くとして、結果として、ほんのかすかな回折パターンが観察された。ナサニエルのボスにも見てもらったところ、普通は見えないはずなのに確かにそれらしいものが見えていると驚いていた。
なんでも、僕のクリスタルは500x10x10µmの針状結晶で、実質X線が当たっている部分は10x10x10µmしかないので、普通は研究室にあるような小型の装置では物理的に無理だとのこと。
ただ、見えているとしても解析に使えるほどの強度ではないので、今晩１６時間かけて２方向からの照射を行い、積算して明日の朝見てみようと言うことになった。

これで回折像だと確定すれば、シンクロトロンに持っていけば、構造解析ができるだろう。また、おおざっぱに結晶内部のユニットサイズも計算できるらしい。ちゃんと２つのタンパクの共結晶になっていたらいいのだけれど。


その間ずっと動かしていたドッキングプログラムは、計算終了までに13時間かかるようで、研究室のパソコンはつけっぱなしで放置してきた。これも、明日の朝には結果が出ているだろう。しかし、タンパク質間の相互作用を、普通のノートパソコンで計算させるのはだいぶきつい。友達のトラヴィスにお願いして、彼の研究室の計算コンピューターグリッド群をちょっと拝借させてもらおうか。


タンパクの精製は、カラムにタンパクを結合させて、夾雑物を洗い流したところまでで終了。ぱっと見た感じ、今回は結構収率が良さそうだ。明日溶出して簡単に定量する。


いずれの実験結果も明日の朝に判明するので、明日、研究室に行くのが楽しみだ。

【“Got diffraction!”の続きを読む】

研究で、いくつかの進展があった。

１．構造計算
先日のボスとのミーティングで、モデル計算の結果、安定で良さそうな構造が構築できたので、そろそろ次のステップとして、コファクターを計算でフィッティングしてみる＆相互作用する（という仮説を立てている）タンパクとの表面構造の比較をやってみるという事になった。

そこでつい先週末、友達の計算化学が専門のトラヴィスに、なにか良いプログラムはないかと聞いてみたところ、彼のボスに問い合わせてくれて、あるフリーのプログラムを紹介してくれた。

その名も、TINKER。

どうやら、PDBファイルを使って、色々な計算ができるらしい。ひとまず、一歩前進といったところ。
また、Chemeraという、タンパク質同士をドッキング計算させるソフトも見つけた。まだインストールすらしていないけれど、これでなんとか計算ができる気がする。

２．X線結晶解析
結晶作成で色々お世話になっている友達のナサニエルから突然メールがきた。それによると、明日から地下のX線装置を使って、別のラボの先生が実験をするから、それに便乗して僕の結晶の回折チェックをしないかとのこと。すばらしい！というわけで、便乗決定。今回は、capillary mountとやらができないらしいのだけれど、何か別の方法でちょっと軽くチェックしてみるという感じらしい。従って、もし回折が見られなかった場合、capillary mountでやれば見えるかもしれないし、元から回折しない結晶かもしれないという２通りの可能性が残ってしまうらしい。それでも、見えたらめっけもの、ぐらいのスタンスでやってみようと思う。どちらにせよ、まだ結晶条件の精密化は進行中だ。

３．蛍光測定によるタンパク質-タンパク質相互作用
蛍光偏光解消法という手法を使って２つのタンパク質の結合の度合いを測定してみようという僕の個人的なプロジェクト。ダメ元で近所の研究室の先生にメールしてみたら、予想外にPolarizer（偏光板）を持っているそうだ。これで、最大の関門を突破した。あとは、タンパクを調整して、蛍光標識して、測定すれば万事ok。他にたくさんのプロジェクトが同時進行中なので、いきなりすぐにというわけにはいかないけれど。


それにしても、以前、ブログでも書いたバイオインフォマティクスのショーン、そして今回の計算化学のトラヴィスにX線結晶学のナサニエル、この３人のおかげで、研究がドンドンはかどる。彼らに出会えて友達になった事だけをとっても、この留学は大いに意味のあるものになったと思う。持つべきものは、異分野の友人だ。


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追記

今日のメニューは、すき焼き。つゆを作ってそこに材料をぶち込んで煮るだけなので、楽ちん。いつもは、醤油１カップに対して水３カップを加えて丁度良かった（はず）なのだけれど、今回は、醤油１カップ、みりん１カップ、水２カップにしたら、味が濃くなり過ぎた。みりんを使う時は、醤油１／２にしたほうが良いかもしれない。

ロールケーキを作った。
レシピはこちら。
ココアパウダー10gを生地に混ぜて作った。



【“ロールケーキ”の続きを読む】

イタリア料理シリーズ最終回はリゾット。

レシピはこちらのページを参考にした。



【“リゾットを作ろう！”の続きを読む】

金曜日は、結晶作りの実験をすることにしている。

結晶を作るには、６×４の穴があいているプレートにリザーバー溶液を調整し、タンパクとリザーバー溶液の混合液をカバーガラスの上にたらし、それをひっくり返してプレートの上に乗せる。（ハンギングドロップ法。詳しくは、リンク先の下の方の図２を参照。）

すべてをセットしたら、あとは数週間〜数ヶ月の間、結晶ができるのをただ待つばかりだ。

一見、簡単なように見えるけれど、実はものすごく精密な実験操作が必要だ。なにしろ、マイクロリットルオーダー（＝０．０００００１L＝０．００１ｍL）の実験なので、ハンドリングの誤差はもちろん、調整中のサンプルの蒸気拡散すら大きな影響を与える。

したがって、実験をする人が違えば結晶がまったくできないと言うこともある。この結晶生成実験は、再現性をもつサイエンスというより、むしろ匠の技術を要求するアートに近い。すべての手順を順番に整然と行い、最初から最後まで、同じスピード、同じ圧力、同じ動作で体を動かさねばならない。

しかも、今日はプレートの穴の周りにグリースを塗ったストック（カバーガラスとプレートを密着させ、空気が入らないようにするもの）を切らしていたので、そこから作らねばならず（注射器に注入しておいたグリースを一定の力を加えて押し出しながら均一にプレートに塗る作業は結構辛い）、すべての実験が終了する頃には右手がつりそうになった。


ところで以前、一度リザーバー溶液のpHを色々ふって実験をした時、まんまと失敗した事があった。すべての調整を終えて顕微鏡でのぞいたら、サンプルがオイルと水のように分離していたのだ。その時、てっきり「Phase separation（相分離）」という現象が起きてしまったのかと思っていた。

しかし、今回、もう一度その条件を含むサンプル群を調整してみたところ、そういう分離は見られなかった。どうやら、タンパクサンプルとリザーバー溶液を混ぜる前に、リザーバーのPEG(ポリエチレングリコール：タンパク質の沈殿剤)とバッファー（pH調整溶液）をしっかり混ぜなかったために分離してしまっただけらしい。初歩的なミス。


今回調整したサンプルは、予定では10-20日前後で結晶が出てくる。うまい具合に単結晶だと良いんだけれど。

そういえば、もう一つ実験中に思ったこと。２つのタンパク質を混ぜて作る共結晶の場合、２つのタンパクの比率も重要なファクターになる。羽状に結晶が成長するのは、ひょっとすると、一方のタンパク質の量が偏ってしまっているからではないか。今後、うまくいかない場合、リザーバーの組成を変えるだけでなく、サンプルの混合比をいじる必要があるかもしれない。


・料理
金曜日にして、冷蔵庫がほぼ空っぽになった。リゾットを作ろうにも、材料といったら冷凍庫の中の鮭と、タマネギぐらいしかない。鮭のリゾット？まあ、ありなのだろうか？

調べてみたら、ありらしい。
http://recipe.gourmet.yahoo.co.jp/E201131/

でも、もうちょっとグラタンチックな方が好きなのだけれど。

明日、キノコとか買ってきて、一緒に入れるかな。

さて、来週は、ちょっと原点に立ち返り、日本料理でいきます！っていうか、すき焼きが食べたい！あと、有言実行、フィンランド料理も！食べたことはもちろん、見たことすらないけれど。まあ、勢いで。

http://homepage2.nifty.com/moi/ruoka.htm
Juustoinen porkkana-sipulikeitto (にんじんチーズスープ）
って、なんだかあんまりおいしそうじゃないんだけど

それから、来週月曜日は研究室にロールケーキを焼いて持って行かねば。研究室の３人の誕生日が集中しているので、その機に乗じて作って食べる！（ただ食べたいだけです）

中身をレアチーズケーキにするか、おとなしく生クリームホイップにするか。外側はチョコレート味？はたまた抹茶味？もちろん、一度も作ったことがないので、失敗したら例によって闇に葬ります

今日は、いつもよりちょっとだけ早く起きて９時ちょっと前に研究室へ行った。うちのボスは陽気なジェントルマンなので、怒ったところを見たことがないけれど、それでもミーティングとなるとある種の緊張感がある。

ボスは、ミーティングの前にグループを引き連れてコーヒーをごちそうしてくれた。連れて行かれた先は、この夏の間ずっと改装工事をやっていた建物で、いつのまにやら本格的なコーヒーショップが入っていた。

さて、ミーティングでは、なんの話をするのかと思ったら、来年の夏に日本で開催される国際学会に参加するかどうかという件だった。７月の下旬から、名古屋で学会があるのだ。それに参加すれば、家に帰る機会も作れるし、良いんじゃないのと言う話。ふーむ、僕は来年の５月に春セメスターが終わったら一度帰ろうかと思ったけれど、そういうことなら帰国を７月上旬に延期して、ゆっくりしてビザを更新して、学会に参加してアメリカに戻るか、あるいは学会に参加した後ちょっとゆっくりしてから米国に帰るかするのも良いかもしれない。車の免許が来年の３月で切れるので、更新作業もしなければいけないし。学会に参加するからには、今やってる研究の結果を出して、発表する内容を作らないとなー。

その話の後、最近の実験の進捗状況と今後の方針について説明を求められた。うちのボスは、極端な話、「Ｇｏｏｄ！（いいね！）」と「Ｌｅｔ’ｓ　ｄｏ　ｔｈａｔ！（よし、そうしよう！）」しか言わないので、今日も今日とて僕が「次はこうしようと思います」と説明したら、「ＯＫ！」で終了した。まあ、ひとまず、いつも通りの流れだ。

特に、結晶生成実験は、もう一息。本当にあと一息なのだ。しかもこの結晶は、世にも珍しい（？）タンパク質複合体の結晶で、もし本当にうまくコンプレックスを形成していて、かつ回折像が得られたら、ボス曰く、「有名になる」というとっておきだ。つい数ヶ月前まで結晶のことなど何もわからなかった僕が、超絶リアルラックでここまでたどり着いた。それ故に、実はＸ線を当てて回折像を得られるかを試す実験をやるのが怖い。たとえて言うなら、大学入試試験の合格発表で、自分の番号が載っていなかったら嫌だから、掲示板を見るのが嫌だと思うようなそんな感じ。もし、回折しない使い物にならない結晶だったら・・・と思うと、今までの苦労がすべて水の泡になるようで、できればこのままずっと夢を持っていられるよう、チェックせずにいたい。まあ、いずれやらないといけないのだけれど。

今後の流れは、
１．結晶生成条件の精密化で単結晶を得る
２．結晶を凍結した時に氷の結晶ができないように、クライオプロテクタントという薬品につける（このとき結晶が壊れたりしないような条件を探索する必要がある）
３．Ｘ線照射！
４．回折像が得られるようなら、そのまま解析、あるいは分解能が悪いようなら、スタンフォードかどこかの大強度放射光施設にサンプルを持ち込んで、よりナイスな回折像を得る。
５．数ヶ月〜数年（！）の解析の後に、構造を特定、論文発表

とにかく、来年の学会に向けて、進まねばならない。そういうわけで、来年の夏頃には、（たぶん）日本にいます。

今日予定されていたボスとのミーティングは、明日の朝９時に変更された。やはりうちのボスは忙しい。

ところで、大学院の同期のインド人、ニランバリとジョーは、つい最近ラボを変えた。元は二人とも同じT先生のところにいたのだけれど、何か気にくわなかったのか、うちの隣のラボに移った。そのT先生の研究室には、日本人のポスドクがいるので、ちょっと話を聞いてみた。

それによると、T先生は、人格的にはいい人なのだけれど、常に学生に対してデータを見せるように要求するらしく、学生からすると追い立てられているようで、かなりプレッシャーになるらしい。まあ、それが原因で二人が抜けたのかどうかはわからないけれど。とにかく、（忙しい故の）放任主義的なうちのボスとは正反対なラボだ。

ただ、もちろんそういう研究室だからこそ研究がどんどん活発に進んでいくというのもある。実際、そのT研究室の論文は過去にScienceの表紙を飾ったこともあり、うちの大学の花形として資金も潤沢だ。研究の１つのドライビングフォースとして、上司からの軽いプレッシャーはあった方が良いかもしれないと思う。


また話は変わり、うちのラボアソシエート（助手というよりかは研究員的なポジション？）のキムが、院の同期のレクシーに対してこんな事を話していた。「シャノン（同じく院の同期）は、言われたことしか実験をやらないから困っちゃうのよね。彼女は一々すべてについて指示を受けないと動かないから。今度、その件について彼女に話さないと。」

僕からするに、まあM1で初めて研究室に所属したばかりなのだから、日本だったら指示待ちは結構当たり前的な部分があると思うのだけれど、アメリカでは自主性を要求されるのかな。


さて、上記の二点をふまえ、ここで自分自身を振り返ると、ちょっと反省すべき点がある。何しろうちのボスは忙しいので、圧力は皆無。普通は月に数回やるラボミーティングすら、最後にやったのはいつだったか思い出せない。たぶん５月？６月？月一で報告書は出しているけれど、返信がないので良いのかダメなのか、それすらわからない。故に、研究はほぼ自分のペースで自分の思うように進めることになる。

これの良い点は、研究でぶち当たる問題に対して、独力であたり、試行錯誤して解決するという訓練になるということ。逆に悪い点は、指導が受けられない事、そして圧力がない事による研究のスローダウンだろう。

ふと思うに、今日などは、もうちょっと頭を使って時間のやりくりをすれば、３つの実験を同時にやることができたのだ。たとえば、カラムからのタンパク溶出、カラムの再生をしながら、その待ち時間に別の実験でプラスミドをコンピテントセルに導入してプレートを作り、またその待ち時間に次の結晶生成用のプレートを作ることもできた。

どうも、いつのまにやら、自分自身に対してヌルくなっている。気を引き締めないといかんなぁ。

さて、明日のミーティングはどうなることやら。

・グラタン作成！
一日の仕事が終わって、疲れて家に帰ってきて、晩ご飯を作るのが非常にかったるい。でも、昨日、グラタンを作るとか言ってしまったので、もう作らざるを得ない。
というわけで、ホワイトソースを作って、別の鍋で火を通しておいたアスパラガス、エビ、タマネギ、ハムをぶち込んでグツグツ煮込むところまで作成。グラタンはもう何度も作っているので、レシピを見る必要が無くなった。
調理中に冷蔵庫に入れてあったサラダとサラミとベーコンを食べたらお腹がいっぱいになったので、チーズを載せて焼き上げるのは明日にする。

ところで、アスパラガスはどこまで食べられるのか？先端のつぼみ的な部分はOKとして、その下の茎の部分は、どこから切り捨てるのだろう。とりあえず、手で触って硬いところは切り落とした。


・授業
火曜は授業の日。木曜日の授業が休みだとかで、宿題が出された。ところが、その半分以上が、前のセメスターで同じ先生が担当したいたクラスで出た宿題と同じ問題。まあ、復習になるし、楽ちんで良いのだけれど、他の先生の出す「最新の論文を読んでその論文の実験・論理の展開における問題点を説明せよ」とかいうシビアな内容と比べると、だいぶ見劣りする。
楽だけどあんまり成長が見込めない教育と、命を削るけれど乗り越えれば自分の力になる教育と、どっちがいいのやら。


・研究室
久々にボスと話した。というか、挨拶だけだったけれど。うちのボスは副学長でいろいろな公務のため忙しいので、研究室にやってくるのは１週間に１回あればいい方だ。
突然ながら、明日、僕の所属するグループのミーティイングをやるといわれた。明日は、色々な実験結果を説明せねばなるまい。

現状ある４つのプロジェクトの進行状況は
１．結晶生成
　サンプル中にできる結晶の数を2-5個程度まで減らす条件を見つけ出した。この条件下では、結晶が非常に大きく、かつゆっくりと成長する。しかし、結晶の形が羽のようになってしまう（単結晶ではない）ので、X線で構造解析するには、さらに最適条件を見つけ出す必要がある。でも、そこまで限りなく近づいてきた。（問題は、この結晶から回折像を得られるかどうかだけれど。）

２．某タンパク質の構造計算（Homology modeling）
model#4まで試行錯誤しながら構築し、#1から比べるとTotal energyが−10000ｋJ/molも低い安定構造のモデルが作れた。おそらくこのタンパク質の構造座標データを使って、コファクターの結合サイトを計算でフィッティングできるはず。ただ、うちの研究室のモデル計算の担当は、僕の嫌いなSelfish、Childish、Foolish３拍子揃ったポスドクのダリアなので、頼むのが非常に嫌だ。むしろ、自分でやりたい。

３．某タンパク質の精製
　プロジェクト２のタンパク質を実際に精製し、結晶構造を決めたりタンパクの特性を調べる。しかし、現状では、120gのバクテリアを潰してようやく1.7mgのタンパク質が取れたところ。僕の知る限り、この収率の悪さは最悪の部類に入る。今までで扱ってきたタンパクで一番収率が良かったケースでは、100gから300mgとれた。それから比べると、まさに天国と地獄。収率を上げる培養条件の検討が必要だろう。

４．別のタンパクの精製
　僕が独自に計画を立案し、ボスの承認を得て始めたプロジェクト。最終的には、別のタンパク質との解離定数を求める。さらにpHの依存性も確認する。いわゆる、タンパク質-タンパク質相互作用の研究だ。現状では、上記の実験に手を取られて、ほとんど進んでいない。一昨日、日本の研究室からもらった乾燥された菌体のペレットをプレートにまいたものの、小さなコロニーが一つ得られただけだった。ちょっと怪しいけれど、これにかけてみるしかないだろう。

ほぼ最後まで今日のエントリーを書き終えたところで、「ポップアップを許可」ボタンを押したら、ブラウザが勝手にリロードして、書いていた内容が全部消えた

同じ内容を同じように書くのが面倒なので、箇条書き。

・実験
菌を潰そうと思ったら、他の人とかぶった。２時間も待つと実験が終わるのが夜中になるので、明日に延期した。

・勉強
結晶構造解析の概論クラス。明日までに教科書を１０ページ読む。ついに第３章「波」に入った。フーリエ変換がでてきた。Complex numbers(複素数)もでてきた。高校時代に勉強したけど、まったく覚えていない。構造解析になんで虚数とか出てくるんだ。

・料理
ピザクラストを作らずにでも、具をパンの上に載せて焼けばいいことに今更気がつき、ショックを受けるもToo late。
明日はトマトバジルソースが余ってるのでトマトベースのパスタ。夜はアスパラガスとエビとそのほか残り物でグラタン！
今週の後半はリゾットにでも挑戦するかな。

買えばいいじゃん、とかいうつっこみは無しの方向で



【“ピザを作ろう！”の続きを読む】

今週は、イターリアンで献立を考える。

今日の買い物では、早速、オリーブオイルにバジルの葉っぱ、ニンニク、ナス、ズッキーニを買ってきて、こちらのサイトを参考に、パスタ料理を作った。

いままでオリーブオイルなんて使ったことがなかったけれど、ニンニクと一緒に炒めると、まあ良い香り。

途中、パスタを切らしてしたとか久々にトマトソースの瓶を開けたら中身が黴びてたとかいう落とし穴がありつつ、マカロニで代用したり、味のベースをスープに変えたりで乗り切った。

しかし、一人暮らしではアメリカの巨大なナスやらズッキーニを一回で処理できるはずもなく、何か別のレシピを考えなければならない。

ぱっと思いつくのはラタトゥイ（ラタトゥイユ？でも友達のフランス人は最後のユは発音してなかったけど）だけど、あれって、フランス料理だしなー。

という具合で、平和な週末だった。

今日の晩ご飯は、日本人４人で隣町のイタリアンレストランへ。オーナー兼シェフのつる禿げおじさんはイタリア人らしく、料理はどれも本格的でおいしかった。Canneなんとか con spinaci？(ほうれん草のパイ包み)とかイタリアンソーセージ、トマト、ナスの載ったピザ、鮭のクリームラビオリなど。３人分を４人でシェアして丁度良いあんばいだった。

デザートはチョコレートムース。カカオの濃厚な風味が口いっぱいに広がる素敵テイスト。アメリカでは珍しく、甘さを抑えたオトナの味で、日本人受けの良いお店だった。しかも、一人あたり$18。

コレに触発されて、来週は、チーズを使ったイターリアン料理を作ろうかと思います。

リコッタチーズとか使うヤツをネットで探さねば。


近頃はブログネタと言ったら、マニアックな研究か、どうでもいい料理の話ばっかりだわな。
もうちょいしたら秋セメスター分の授業料などの留学情報を公表します。
現在、色々な事務側の不備を訂正して確定待ち。

作ろうか迷ったポトフの件。

やっぱり作った。タマネギ、ジャガイモ、ナス、ソーセージ、千切りキャベツ（コールスロー用）を鍋にぶち込み、水をヒタヒタに入れてただひたすら弱火で４時間ほど煮込むだけ。具材は大きく切るのが良いらしいので、みんな４等分程度のざく切り。本当に楽な料理だ。

本来は、コンソメとかを入れて作るらしいけれど、今回入れたソーセージがすでに味付きだったので、水で煮込んで塩コショウしただけで、非常においしかった。

タマネギが透き通っていて、口に入れただけで溶ける。しかも、甘い。マスタードとあわせると、これまた良い。


しかし、３回食べたらちょっと飽きた。明日は醤油を入れて肉じゃが風にするか、あるいはホワイトソースを作ってシチュー、はたまた味噌とウドンを入れて味噌煮込みウドンか(´¬`)


あ、実験は順調です。



やっぱり追記（研究をしている人向け）：

現在やっているプロジェクトのうちの１つは、コンピューター上であるタンパク質の構造をモデリングするというものだ。実際のタンパクの構造解析実験も進める一方で、計算科学の方面からもアプローチしようと言う魂胆。

実際の実験が忙しいので、待ち時間が多いとか、今日はちょっと疲れたな、というときにこのプロジェクトを進めることにしている。今日は、T-coffee(Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation)というプログラムを使って、自分の構造不明なタンパクのアミノ酸配列と、それによく似た配列を持つ、すでに構造のわかっているタンパク質の配列とをフィットさせ、それよって得られたアラインメント情報を使ってSwiss-Modelで構造モデリングを行った。

ちょっと話はそれるけれど、今朝研究室に向かう時、偶然バイオインフォマティクスが専門の友達と出くわして、ホモロジーモデリングをするのに良いソフトはないかと相談したところ、T-coffeeとかJalviewが良いよと教えてくれたのだった。うちの大学は、小さくて田舎にあるながらも、それぞれの研究室がカバーする領域が多岐にわたるので、たまにこういう別分野の人に相談することができて便利だ。

そんなわけで、さっそくT-coffeeとやらを試して色々いじくった結果、前回よりもかなりエネルギー的に安定な構造が構築できた。しかも、見た目もなんだかかなりコンパクトでいかにもありそうな感じ。前回は、ヘリックスやシート構造を取らないループ構造が多かったのだけれど、今回はそれがかなり少ない。素人考えでは、ループ構造が多いほど自由に構造がとれるので安定なのかと思っていたのだけれど、きっちりすっきりヘリックスなどの構造をとって、コンパクトにパッキングされた方が安定な様子。まあ、自然界にあるタンパクはみんなパッキングされて安定構造をとるのだから、当たり前か。

昨日から新しいバッチのタンパク質精製を始めた。いつもは１０ｇのバクテリアを潰すのだけれど、今回は、カラムのキャパシティーチェックも込みで、３０ｇを一度に潰した。

量が３倍になると、容量の都合上、精製の過程で二回に分けてやらなければいけないところが出てきて、いつもなら18時か19時に終わるものが、昨日は24時過ぎまでかかった。

タンパク質の粗精製（細胞内の色々な成分がゴチャゴチャになっているスープ状の液体から目的のタンパクを大雑把に分離する段階）は、スピード命だ。細胞内には、他のタンパク質を分解する酵素がたくさん含まれているし、目的のタンパク質が変性しやすい場合は、周りに余計な夾雑物があるとすぐに痛んでしまう場合もある。故に、できるだけ速やかに目的タンパク質を、その他のものから分離する必要があるのだ。

そんなわけで、途中で止めるわけにもいかずに、夜中までかかって処理を終えた。収量は、ひとまず上々といったところ。（そういうわけで、昨日の夜はブログが更新できなかった。）このブログは、研究室で執筆中。


さて、話は変わって、今晩の食事をどうするかという問題。
今、冷蔵庫には、先日使ったナスの半分の他に、タマネギ、ジャガイモ、ソーセージ、キャベツの千切り（コールスロー用）などがある。これらを使って何か料理ができないかとネットで検索したところ、ポトフというのができるらしい。もちろん、そんなものは作ったことはないけど、まあレシピ通りにやればできるだろう。しかし、今夜もおそらく実験が深夜までかかるので、今日作るかは微妙なところ。なにせ煮込まないといけないようなので、放置して研究室に戻ってきてしまうと火事の危険があるからなぁ。

RA給料　2008年8月分
$1,568.96

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・パウンドケーキのはずがマドレーヌ？

パウンドケーキが食べたくなって、HPで探したサイトを参考に作ってみた。

ところが、なんだかイメージと違う。パウンドケーキというより、マドレーヌ？
卵をメレンゲにしなかったせいか、焼いてもふくらまずに中身もギッシリといった感じ。

まあ、味はソコソコだった。

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・餃子パーティー

研究室のポスドクのコーユーさんのところで餃子パーティー。大変おいしかった。食べ過ぎた。

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・献立に困る

手持ちのレシピがそんなに無い＆あってもアメリカでは材料が手に入らず作れないので、２週間すると作るものが思いつかなくなる。また同じサイクルでいくか、それとも新しいレシピを試してみるか。
とりあえず、今週はナスを買ってきたので、久々に麻婆なすをつくる。後半はジャガイモとタマネギが余っているので、シチューか。シチューってこの前食べたばっかりなような。

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・家から閉め出された

買い物に行く時、うっかりカギを持って出るのを忘れて締め出しを食った。一人暮らしの問題点は、こういう時に顕在化する。日曜日でオフィスが閉まっているので、彼らにどうにかしてもらうことができない。仕方がないので、この寮のコミュニティーを管理をしているCA(コミュニティーアシスタント)の家にドアを開けてもらうように頼みに行った。

ところが、ドアを何度叩いても応答がない。最初、扉の向こうに気配を感じたのだけれど、気のせいだったか？ひとまず、10分ほど（断続的に）ドアを叩いても誰も出てきそうにないので、いったん家に戻り、どこかの窓が開かないものかとウロウロした。しかし、窓のカギはあいているものの、網戸はガッチリと釘で固定されており、壊さないと入れない様子。

仕方なく、CAの家の前で誰かが帰ってくるのを待とうと思って、またその家に向かうと、丁度CAが買い物から帰って、中に入るところだった。しかも、誰かが内側からドアを開けたのが見えた。やはり中に人がいたか。CAの同居人の癖に居留守を使うとは、ふてえ野郎だ。

そのCA曰く、彼はカギを持っておらず、別のOn callのCAがオフィスのカギを持っていて、そこから自分の家のカギを借りられるらしい。そういうわけで色々あった末に、ようやく自分の家にはいることができた。次からはよく気をつけないと。

夜７時頃、今日は授業があったのをハッと思い出した。でも、もう手遅れ。先生にメールして勘弁してもらった。まだ授業の習慣がついていないので、どうもうっかり忘れてしまう。しかも、周りの人は誰も同じクラスを受けていないので、彼らを頼ることもできない。次は火曜日。今後忘れないように気をつけねば。

実験。色々よろしくない。収量が圧倒的に悪く、その原因が未だによくわからない。現在、２つの仮説を立てて検証中。

仮説１：標的のタンパク質は、-８０℃で保存すると変性するために収率が落ちる。
　根拠：1度だけ、-８０℃で凍らせずに精製したところ、凍らせたのと比べて３倍も収率が良かった。
　結果：３ヶ月間冷凍庫にあったものと３日だけ冷凍庫に保存されていた菌を潰して収量を比較したところ、大きな差は無かった。
　結論：収量は、冷凍保存している期間には依存しないっぽい。
　今後の課題：凍らせる課程でタンパク質が変性する可能性あり。次は集菌したら冷凍保存せず、即精製する。

仮説２：標的のタンパク質は、細胞抽出液中で非常に不安定であり、精製しきる前に分解されてしまう。
　根拠：３等分した菌体を２回つぶし、精製したところ、同じ量のタンパクが得られた。従って、残りの１／３からも同じ量が取れるはずと予想したものの、半分以下しか得られなかった。カラムから流れ出たフロースルー中を（翌日に）確認しても、タンパクはなかった。
　今後の課題：タンパク質分解酵素阻害剤のカクテルを加えてやってみる。

前にこの実験をやって精製していたドリーンの話では、今の10倍量取れるはずらしい。何故こんなに、再現性よく同じような量しか取れないのか？試行錯誤は続く。


突然、パウンドケーキが食べたくなったので、この週末に作る。オレンジ味かな。

先日、ストレスで唇と鼻の間にできたヘルペスが治りかかってきて、痒くてしょうがない。ここでちょっとでも触れようものなら、また悪化していくので我慢せねば。でも、寝ている間とかに無意識のうちにさわっちゃいそうな予感。

明日の授業までに２４ページ教科書を読んで行かねばならない。あと７ページ。まだ教科書の最初の章なので、ひとまずは歴史の話やら基礎的なX線の概念など。今月末にはテストがあるので、大事そうなところは記憶しておかなければ。

実験。今日は新しいバッチのタンパク質精製を開始し、明日カラムから溶出する。見た感じ、あまりタンパクはない様子。うーむ。

ところで、廊下などですれ違う同期の友達から、やたらと「Are you teaching this semester?（このセメスターはTAやるの？）」と聞かれる。それに対し、僕が「やらない」と答えると、ほぼ一様にがっかりしたような態度を取るのは何故だろうか。僕がTAをやらない分、TAの人数が足りなくて、TAをやらなければいけない人達の受け持ちのクラス数が増えるのが嫌なのか、はたまた僕の幸運に対するジェラスィーなのか。

人によっては、３つのラボを見なければならないらしい。週の時間に換算すると、ラボで教えるのが９時間、採点に６時間、ラボの準備に２時間として、週の４０時間のうち１７時間を費やすことになる。僕はその時間をすべて実験に使える＝卒業までの時間が短くなるわけで、TAとRAの差は非常に大きかったりする。

ついに、2008年の秋セメスターが始まった。と同時に、唇にヘルペスができた。英語で言うところの、cold soreというやつだ（正式には、単純ヘルペスherpes simplexと呼ぶけれど、友達のレクシーいわく、herpesというと性病のイメージがあるので、普通はcold soreを使うらしい）。

僕がヘルペスを発症する時は、十中八九、強いストレスがかかっている。おそらく、秋セメスターに関して、大きなストレスを感じているのだろう。前の春セメスターの地獄で自律神経失調症になり、すっかりトラウマになってしまった。

朝、研究室に向かう時も、昨日までとはまったく雰囲気が違い、そこら中に人がいる。ああ、いよいよ始まってしまった、と心臓がドキドキした。

研究室に着いてからも、実験をやる予定だったのが、夕方からの初めてのクラスのことを考えて気が散ってしまうので、明日に延期した。こういうときに実験をすると取り返しのつかないミスをする。

午後、いよいよクラスが始まった。受講者は全部で10人。スケジュールを見ると、ほぼ１ヶ月に１回テストがあり、期末試験はtake home examとあった。つまり、家に持って帰って、期日までに提出するタイプだ。X線とNMRの授業をやるはずだったのだけれど、全30回のクラスのうち、NMRは3回だけらしい。教科書はB5サイズぐらいの小型のもので、全部で220ページ。これをこの3ヶ月ですべて読んでいくようだ。毎回、リーディングアサインメントがあり、だいたい2,3日に10ページぐらいのペースで読んでいく様子。

スケジュールを見る限り、どうやらなんとかやっていけそうだ。テストが多い方が範囲が狭まって逆に勉強が楽だし、何より持ち帰りの期末試験とは、とっても僕向きだ。あとは、実験のスケジュールをうまく調整すれば、何とかなるように思う。