Go the Distance!

PhD studentとして

Fumihiro(27) — 2009-11-27T19:46:25+09:00

今日は、アルギニン塩酸塩を使うと沈殿しやすいタンパクが水に溶けやすくなる場合があるという、まんせるさんの情報に一縷の望みを託し、以前やってうまくいかなかった方法を再度試みた。

結果は、失敗。残念ながら大量の沈殿が出てしまった。僕のタンパクには、効果がないようだ。かくなる上は最後の手段で、試薬を使わずに専用装置で外部から物理的に反応を進ませることにする。この装置は下の階のラボにあるので、先ほどラボの先生にメールを送って、使用許可を取り付けた。来週の月曜に、学生さんか誰かにやり方を聞きに行くことにする。

問題は、そのラボというのは、例のジャニスの所属するところだということだ。彼女は、以前書いたとおり、僕に対して何やらネガティブな態度を取るので、これまで近寄らないようにしていた。しかし、その装置をメインに使っている２人の学生のうち１人がそのジャニスで、そのラボの先生からは、「ベンかジャニスに使い方を聞いてくれ」というレスポンスを受けた。できればベンとやらに頼みたいところだけれど、まあ、流れによっては、何気なさを装って、ジャニスにジャブを食らわせに行くのに良い機会かも知れない。

ところで、この一連の流れは、ボスに相談することなく、自分で論文を調べてコーディネートした。もちろん、すでにこの計画はメールでボスに知らせてあり、何か問題やサジェスチョンがあったら教えてくれといってある。

僕が思うに、実験で行き詰まった時、修士までの学生ならば、ボスに「どうすればいいですか？」と聞きに行くのもありだと思う。でも、博士課程の学生ならば、それはダメだ。研究者として独立するためには、自分自身で問題を解決する能力が必要不可欠だ。博士課程というのは、その訓練の場だと思うので、自分で解決する方法を考え、実行することが大切だと思う。そして、ボスは、あくまでオブザーバー/コンサルタントとして、学生の計画が良さそうかどうか、プロの視点から判断し、生徒が道を逸れないように補助するぐらいが丁度良いと思う。

そんなわけで、この方法でやってみることにする。ただ、もしこれがダメだったら、本当にどうしようもない。その時は、しょうがないので、オックスフォードに高飛びして、友達に助けを請おうかな。

サンクスギビング実験

Fumihiro(27) — 2009-11-26T18:10:06+09:00

今日は、サンクスギビングでお休み。クリスマスにも匹敵する大きなイベント行事らしく、家族で集まって、七面鳥をむさぼり食うらしい。

僕はここのところ実験で忙しいので、今日はいつも通りラボにいって、新しい内部標準試薬の定性実験をした。タンパクと混ぜて実験をする前に、この試薬だけでどういう挙動を取るか確認しておかないといけない。ところが、開始早々、大きな問題が明らかになった。モニターすべき吸収波長に、別の自作試薬の波長がかぶって、測定ができない。

これを回避する方法は今のところ２つあって、１つは、この実験を最初に始めた時に使っていたシステムを使う方法、そしてもう１つは、下の階のラボにある専用装置を借り受けて実験する方法だ。最初の方法では、タンパクサンプルが沈殿してしまって、ろくに測定できなかった。２番目の方法は、他のラボの装置を丸１日以上占有することになるので、できれば避けたい。しかも、温度調節ができない可能性が高い。

そこで、今こそ、200ｍMアルギニン塩酸塩を試してみようと思う。最初の方法にアルギニンを加えてやってみて、もし万が一、タンパクの沈殿が抑えられたらもうけもの。だめなら、しょうがないので下のラボに頼みに行くしかあるまい。

それにしても、もうあと一息で結果が出そうだというところで、あっという間にスタート地点まで戻るハメになった。まあ、しょうがない。もうちょっとだけ頑張る。

Carmexは偉大/休みモードの水曜日

Fumihiro(27) — 2009-11-25T20:56:49+09:00

・Carmexは偉大

一昨日ぐらいから発症したヘルペスは、あっという間に終息した。放っておくと、完治までに１週間はかかるのに。以前ブログで紹介したCarmexというのを塗っていたのだけれど、この効き目がすごい。ヘルペスは、細菌ではなく、ウイルスが原因で発症する病気だ。ウイルスは、人間の細胞を乗っ取って自己増殖するので、ウィルス特有の器官を特異的に潰すような抗生物質が効かない。つまり、ウイルスが増殖しているヒトの細胞を適切に見分け、それだけを殺すような精密な薬が必要だ。

故に、抗ウイルス薬というのは、科学＆医学が進歩した今の時代でもあんまりメジャーではない。Wikipediaによると、今の所、ヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、HIVの3種類にしか対応できていないらしい。

その、人類の叡智の結晶とも言える高等技術に匹敵する、この$1.6の塗り薬。成分自体も非常にシンプルで、これがヘルペスに効くと発見した人は、偉大だ。

・休みモードの水曜日

今日から、アメリカはしばらくお休みモード。明日がサンクスギビングで、明後日がブラックフライデー。暦の上では土日も入れて４連休なのだけれど、どうやら学生達は今日から自主連休に入ったらしく、駐車場はガラガラだった。いつもは２００台ぐらい止まっているところに、今朝は３，４台しかない。実家が遠い人も多いだろうから、今日は移動日なのかな。

僕は、特にパーティーの予定はないので、明日と明後日、測定実験の予定を入れた。できれば今やっている実験は今年のうちにけりをつけて、論文に載せたいところ。

ボスとの話し合い/Pymolでタンパクの疎水性度を表示させる方法

Fumihiro(27) — 2009-11-24T19:28:10+09:00

・ボスとの話し合い

先日、徹夜で実験をして、案外大丈夫だなと思っていたら、ヘルペスを発症した。無自覚に体がだいぶ弱ったらしい。自分でもびっくりするほど脆弱な体だなと思う。

昨日は、ボスがやってきて、研究結果について話し合いをした。とはいっても、忙しい人なので、話ができたのは昼前に３分ぐらいと、６時頃に１５分ぐらいだけだったけれど。ともかく、今後の実験の方向性は固まった。先日の徹夜の実験で出した結果によると、どうやら現在使っている内部標準の試薬ではよろしくなさそうなので、別の試薬を使って、また同じ事をすることになった。まあ、十中八九、ほぼ同じ結果が出ると思うけれど、論文に載せるとなると、レフェリーにそこを突っ込まれることは目に見えているので、それもやむを得まい。

ところで、まだ一度しかやっていないのだけれど、そのタンパクが機能する系中の、ある代謝物を加えたところ、値が変化した。非常に興味深い。もしや、フィードバックを受けている？これが事実だとすると、面白いことになる。代謝物によるタンパクの機能制御。熱い。

・Pymolでタンパクの疎水性度を表示させる方法

昨日、ボスを待っている間にだいぶ暇だったのでPymolでタンパク分子表面のHydrophobicity(疎水性度)を表示させるプラグインで遊んでみた。導入までにちょっと手間取ったのだけれど、なかなか便利なので、誰かのためにここにやり方を載せておく。

ちなみに、Pymolというのは、タンパクの分子を綺麗なグラフィックで表示させるツールで、論文にもよく使われる、プロフェッショナルソフトだ。学生なら無料で使える。このソフトは、プラグインを使うことで機能を色々と拡張できる。たとえば、このページでも以前紹介したApbsというプラグインを使うと、タンパク表面の電荷分布を見ることができる。

そういうわけで、今回は、タンパク表面の疎水性度をみるためのプラグイン。まず、rToolsをダウンロードする。そして、中身の全てのファイルを

C:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL\modules\pmg_tk

のstartupというフォルダに入れる。このファイルの中には、全部で６種類のプラグインが入っているので、必要がないものは入れないか、あとで消してしまって良いと思う。

説明によると、これであとはPymolを起動すれば良いと言うことになっているのだけれど、僕の場合はそうはいかず、以下のようなエラーが出た。

Exception in plugin 'color_protscale' -- Traceback follows...
Traceback (most recent call last):
File "C:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL/modules\pmg_tk\PMGApp.py", line 164, in initialize_plugins
mod.__init__(self)
File "C:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL/modules\pmg_tk\startup\color_protscale.py", line 242, in __init__
for datei in os.listdir(SCALE_PATH):
WindowsError: [Errno 3] The system cannot find the path specified: 'C:\\Programme\\DeLano Scientific\\Pymol\\modules\\pmg_tk\\startup\\protscale\\*.*'
Error: unable to initialize plugin 'color_protscale'.

Exception in plugin 'script_box' -- Traceback follows...
Traceback (most recent call last):
File "C:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL/modules\pmg_tk\PMGApp.py", line 164, in initialize_plugins
mod.__init__(self)
File "C:\Program Files\DeLano Scientific\PyMOL/modules\pmg_tk\startup\script_box.py", line 61, in __init__
flines=open(SCRIPT_LIST,'r').readlines()
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'C:\\Programme\\DeLano Scientific\\Pymol\\modules\\pmg_tk\\startup\\scripts.lst'
Error: unable to initialize plugin 'script_box'.

そういうわけで、ここにその回避方法を書いておく。

エラーのログを見ると、どうやら'color_protscale'と'script_boxの２つのプラグインで、
'C:\\Programme\\DeLano Scientific\\Pymol\\modules\\pmg_tk\\startup\\protscale\\*.*'
'C:\\Programme\\DeLano Scientific\\Pymol\\modules\\pmg_tk\\startup\\scripts.lst'
この２つのファイルが見つからず、初期化ができないとある。
よくよくみると、Program Filesとあるべきところが、Programmeと、何故かフランス語になっているので、これをProgram Filesに書き直せばよい。あるいは、デフォルトでインストールしていない人は、この部分をそれぞれのファイルの位置にあわせて書き換えればよい。

具体的には、startupフォルダ中のcolor_protscale.pyとscript_box.pyをワードパッドで開き、検索機能で「Programme」をみつけ、それを「Program Files」に書き換える。これで、pymolを起動させ、PDBから好きなタンパクの座標データをダウンロードして開き、PluginからProtscaleを選択、Open protscale boxでメニューを出して、「Normalized consensus hydrophobicity scale」をクリックする。タンパク表面の疎水性パッチを見たい時は、ShowメニューのSurfaceで表示させればよい。

そんな感じで作ってみた図がこちら。

青い部分が疎水性、白くなるほど親水性。自分で作った、今扱っているタンパクのモデルを試してみたところ、見事に真っ青な部分だらけだった。どうりで沈殿しまくるわけだ。願わくば、これが誰かの研究の助けにならんことを。

自殺未遂

Fumihiro(27) — 2009-11-23T19:44:53+09:00

今日、院の同期だったレクシー（２年でマスターを取って卒業し、今は別の学部のラボでラボテクとして働いている）に聞いた話では、同期の一人が自殺未遂をしたらしい。名前を出そうかと思ったけど、プライバシー保護のため、一応伏せておく。とはいっても、このブログで過去に何度か書いた人なので、以下の経過説明で、いつも読んでいる人にはバレバレだろうけど。

先日、僕の住む寮でインド人の学生が一人自殺したと聞いたばかりだけれど、偶然にも同じ先週の木曜日に、これまた僕と同じ寮の一室で、リストカットをして血まみれになっていたらしい。うへー。嫌な偶然。インド人の方は死んでしまったけれど、同期の方はルームメイトがドアを蹴破って助けに入って、命を取り留めたそうな。それでも、切ってから２時間ほどは経過していたらしく、かなり失血していたらしい。考えただけでもゾッとする。

どうやら原因は、先日オーラル試験に落ちて、次の試験（最後のチャンスで、落ちたら強制退学）が来年の１月にあるらしいのだけれど、今年のクリスマスに休暇で帰国しようとしたら、「今のままだと落ちる」と同僚に止められた事、それから、最近彼女に振られた事らしい。彼女、可愛かったのにね。あんまりにも可愛すぎて、他の男に取られちゃったんだろう。

そんなことを書いていたら、たったいま、彼のボスから全学に向けてメールが来た。どうやら、彼の命に別状はないらしい。２時間も放置して助かったと言うことは、傷が浅かったんだな。彼の体力の回復を待って、３日後のサンクスギビングに、彼につきそって帰国するそうな。彼のボスも、彼と同じ国籍なので、ビザとか取らずにすむからできることなんだろう。それにしても、きっちり面倒を見る先生だな。

おそらく、彼はもう戻ってこないだろう。強く生きろよ。

さて、今回の２つの自殺事件は、どちらも留学生が引き起こした。これは、留学の一つのリスクだと思う。同期の方は、オーラル試験で、よっぽど追いつめられていたのだろう。僕も人ごとではない。まあ、僕は先日、あと３年は少なくとも頑張ることにしたので、あと２年半ぐらいは死ぬ予定はない。そのあとは知らないけど。

ところで今のところ僕の知る限りでは、同期１８人のうち、オーラル試験に２人落ちて、１人追加試験を食らった。そして、８人パスに不明が５人。残り２人は、いつの間にか学部のＨＰから削除されていたので、ドロップアウトしたのだろう。もう一人の落ちた女の子は、まさか同じ事をするんじゃあるまいな。彼女もまた、留学生。

そういうわけで、留学というのは、実は、死が結構そばにあるんだな、と思い起こさせる出来事だった。命をかけて死ぬ気でやったら、だいたいどんなことでもできると思うんだがね。あ、でも彼女はできないかな。

「好きです、つきあってください！（命がけ）」
「ごめんなさい」

ぺっ（´д`)、