・音信不通
今日は、２つ隣のラボのポスドクのJimのサンプルを測定する予定だった。ところが、昨日の夕方から一切音信不通で、ラボにもいないしメールにも応答がない。予想を遙かに上回るルーズな人間らしい。
サンプルをもらえないと実験しようもない。まあ仕方がないので予定を変更して、今日は論文読みをして過ごした。よくよく考えたら、論文を自分で書くに当たって、色々と読んでおかなければいけない論文がたくさんあったのだった。
・Failure
Jimがいるラボには、大学院の同期のインド人の女の子がいる。例の、「私はどうすればいいの？」と聞いてくる、依存気味な女の子だ。彼女の２年目の口頭試問（パスできなければドロップアウトさせられる）が昨日あったのを思い出した。そういえば、昨日から一度も見ていない。
今日、廊下で彼女と同棲している彼氏に会ったので、聞いてみたところ、やっぱりダメだったらしい。まあ、厳しい事を言えば、「私はどうすればいいの？」なんて聞く自主性のない人には、正直、パスは難しいだろう。
この試験で求められることを端的（かつ大げさ）に言うと、自分で仮説を立て、それを調べるための適切な実験をプランし、そして出た結果を適切に解析できるという一連の基本的な研究能力の立証だ。そして、口頭試問で問われるのは、研究のため基礎知識もさることながら、わからない事（教授陣の突っ込んだ質問）が出てきた時に、その時点で持っている自分の知恵と知識をフル稼働して、リーズナブルな問題解決/説明ができるかどうかが一番重要だ。
彼女には、数ヶ月後にもう一度だけチャンスが与えられ、それにもパスできなければ、ドロップアウトすることになる。どうなることやら。
・創薬セミナー
今日は午後から、某大手創薬会社で働く研究者のセミナーがあった。内容は、慢性的な痛みを取り除くための薬の開発について。そのセミナーによると、痛みのシグナルは、細胞膜上のナトリウムチャンネルを通じて脳に伝えられるらしい。その会社では、そのチャンネルの機能をブロックする小さな化合物を色々と合成して、効き目がある物質をしらみつぶしに調べているそうな。
チャンネルにそれなりに結合する化合物があって、その一部を削ってみたり、色々な置換基にしてみたりして色々な化合物を何百も何千も作り、それをかたっぱしからナトリウムチャンネルのサンプルに混ぜて、どの程度結合するかを調べ、それを比較していく、という地味な作業をやっていくようだ。創薬ってタイヘンだな。
それもこれも、膜タンパクの場合、結晶を作ることが難しく、構造がわからないせいだ。鍵穴の形がわからないのに、カギを色々作ってぴったり合うのを探しているようなものだ。膨大なお金と時間がかかるというのも、うなずける。
僕がもし、将来、会社に研究職で就職したら、こういうことをやっていくことになるのかもしれない。（明日は、将来の就職について、現在どう考えているか書くことにする。）
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先日の
名古屋の学会で見たポスターの研究が、Natureに発表されていた。どうやら無事、通ったらしい。おめでとうございます。
こうしてあらためてNatureに載っているのを見ると、なんというかゾクッとする。この研究が載るなら、似たような研究である僕の共結晶の構造解析も、載るレベルに到達できる可能性があると言うことだ。まあ、投稿するとしたら、たぶんScienceの方だろうけれど。
しかし、当然ながら同じ事をやっている人は世界に何人もいるだろうから、明日にもその内容が論文で発表されて先を越されてしまうかもしれない。実験結果がうまくでたとして、レフェリーに何か問題点を指摘されて、なにもかもやり直しになってしまうかも知れない。そう考えると、もうすでにグッタリ感がでてくる。究極のネガティブ捕らぬ狸の皮算用だけど。
僕のクリスタルは、今のところ１２月上旬にスタンフォードのシンクロトロン施設に持っていって測定する予定。ただし、ほんの数個しか結晶がないので、クライオコンディションをいくつか試す余裕がない。結晶のサイズも小さいので大学の小さなビーム源では確認のしようもない。すべてが運任せだ。
まあ、結晶ができたのも運だし、こうなったら、最初から最後まで、すべて運任せにしよう。僕は運が良いから、きっとうまくいくよね
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今日は、２つ隣のラボのポスドク、ジムにCootの使い方を習うことになっていた。月曜日に、「水曜のLate morningはどうだ？」と聞かれたので、「10時か11時ぐらいか？」と聞き直したら、「そうだ」というので、「じゃあそのくらいにラボに行くわ。」という流れ。
彼は、どうやら朝が非常に弱いらしい。僕も近頃では、７時半に目覚まし時計をセットしないと8時に起きられないのだけれど、それにもまして酷いようだ。そういうわけで、念のため30分余裕を見て、10時半頃にそのラボに行った。ところが、ジムは来ていない。仕方がないのでずっと自分の席で待っていたのだけれど、結局、昼前まで現れなかった。
11時40分過ぎに、昼食のためにいったん家に帰る道すがら、そのラボによってみると、ちょうどジムが来たところだった。おっせー！しかも、今からコーヒー買いに行ってくるとかいう始末。そういうわけで、じゃあ1時からやろうかということになった。
1時になってそのラボに行ってみると、当然のようにいない。彼はどうやら、時間にルーズらしい。結局、１時半頃になって「今戻ってきた」とかいって僕のところに来たので、本来朝の10時からやるべき事を、午後の１時半になってようやく開始できた。
彼らはつい最近、偶然にも僕のタンパクと相同性の高いタンパクの構造を決定した。今までにすでに構造決定されている似たようなタンパクでは、きちんとコファクターまで同定できていなかったのだけれど、彼らはその位置情報まで綺麗に求めることができた。そこで、そのデータを使わせてもらって僕のタンパクのHomology medellingを試みている、というのが今日の趣旨だ。
大雑把な流れとしては、
T-coffeeで２つのタンパクのアラインメントを解析し、それを元に
Swiss-PDBのサイトでモデルを自動生成するという、非常に簡単なものなのだけれど、その場合、テンプレートとなるタンパクの構造データが
PDBに登録されていなければならない。
ところが、彼らのタンパク質は、まだPDBに登録されておらず、この手法が使えない。そこで、以前この方法で、別のタンパク構造を利用して作ったモデルと、彼らのデータをCoot上でSuperimposeして、手動で修正していこうということになった。
今日、ジムに聞きたかったのは、その修正の時に、あまりに大きな位置修正をしようとするとモデルの鎖が切れてしまってうまくいかないので、それをどうすればうまくできるのかということだった。ところが、結局のところ、チマチマと端から少しずつ動かしていくしかないらしい。
じゃあ、彼らのタンパクがPDBに登録されるまで待った方が手っ取り早いかもね、というところで別れた。以前聞いた時は、「良い方法があるよ！」って言ってたのだけれど、ちょっと話が違うな。その後、夕方の4時過ぎになってまた彼がやってきた。何かと思ったら、明日の「Late morning」にまたやろうぜという。他に何をやるのだろう。
まあ、どうせまた待たされることは火を見るよりも明らかなので、明日は冷凍庫の底の方に埋まっているであろう昔の菌のストックを掘り起こして、タンパクの精製をしようと思う。明後日は、ジムのサンプルにMgを加えて、実験をする予定。なんでも、そのタンパクの機能はMgでコントロールされている可能性があるそうな。
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・実験
今日は、昨日集菌した分を破砕してタンパク質の精製をした。結果は、10gあたり0.5mg。昨日の予想より若干低いけれど、そこまで外れていない。来週は、ジェンタマイシンの濃度を通常に戻してやってみる。もし、それによってタンパクの量が上がるとしたら、次は、その半分の25ug/mLでやってみる。抗生物質とタンパクの量が相関関係にあるのだとしたら、それはそれで新しい発見だな。
ところで、来週末にまたビデオミーティングをやるらしい。昔は、ミーティングというと数ヶ月に1度しかやらなかったのに。ボスは、よほどこの遠隔ミーティングが気に入ったらしい。しかし、先日のミーティングからまだそんなに経っていないので、特に報告することがない。まあ、来週の培養＆精製で、タンパクの収量が上がったら、それはそれで良いニュースになるかな。元はと言えば、自分のミスだけど。
・ニュース
最近、日本の結婚詐欺のニュースをよく見る。なんでも、何人もの男をだまして、１億以上も巻き上げたとか。しかも自殺に見せかけて殺した容疑がかかっているらしい。こえー
写真を見たら、それはもうブッサイクなおばさんだったけど、よっぽどすごいテクニックを持っていたのかな。あるいは、どうしても結婚したい男がたくさんいたか。
僕もそういう女に引っかからないように気をつけないと・・・。でも、どうやって見分ければいいのか、わからない。
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１１月の第一日曜が夏時間と冬時間の切り替え日なので、昨日から時間が１時間早められた。
今日は、集菌。菌の色は、そんなに悪くない。たぶん、この色合いだと、10gあたり0.6mgのタンパクが取れるといったところか。
タンパク精製は明日。
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